El museo de las momias de Guanajuato se encuentra en una explanada adjunta al Panteón de Santa Paula, a diez minutos caminando del Centro, en la ciudad capital. Su origen data de 1865, al descubrirse los primeros cuerpos momificados en el panteón. Surgió un interés público por conocer estas momias, razón por la que se habilitó un espacio en las catacumbas del cementerio, donde fueron exhibidas. El mismo sepulturero guiaba a las personas interesadas a este recinto, en el que las momias estaban colocadas de pie sobre las paredes; a ellas se llegaba por medio de una escalera de caracol. Las momias no tenían ninguna protección y las personas podían tocarlas si extendían la mano, para comprobar que no fueran de cartón, lo que no era muy higiénico.
El 1970, la popularidad de la película El santo contra las momias de Guanajuato hizo que se incrementara exponencialmente el número de personas interesadas en ver las momias, por lo que las catacumbas resultaron ya inadecuadas. A esto se sumó la necesidad de tener protegidas a las momias en contra del maltrato, el polvo y en condiciones de control de temperatura para vitar su deterioro. Así que el gobierno formalizó la construcción de un museo.
Una vez conformado el museo, sufrió pocas modificaciones. Hasta que una remodelación a fondo fue hecha por iniciativa del presidente municipal Eduardo Romero Hicks, en marzo de 2007. En ésta se modificaron y dignificaron los espacios museográficos. Se cuidó de que el clima de las momias fuera un poco más frío, para ayudar a su preservación. Cada cuatro meses, las momias reciben mantenimiento, siendo limpiadas del polvo y fumigadas. Actualmente, el museo cuenta con varias salas.
La primera es una sala de proyección donde se muestra en video una introducción al tema e historia de las momias de Guanajuato. Existe además una sala artística donde se muestran representaciones plásticas de las momias de Guanajuato. Se cuenta también con una recreación de la forma original en que eran exhibidas las momias en el siglo XIX. En otra sala llamada “La voz de los muertos” se cuenta la historia de algunas de las personas momificadas. En otra sala se muestran momias de niños ataviados de acuerdo a la tradición regional conocida como “angelitos”. En otra sala se presentan interesantes resultados de estudios científicos practicado a algunas momias. Otra sala está dedicada a las muertes trágicas de algunos de las personas momificadas. Otra muestra a momias sepultadas con trajes típicos. Otra se dedica a la momia más pequeña del mundo, correspondiente a un feto exhibido con la que fuera su madre. Finalmente, existe una reconstrucción de los nichos del panteón de donde fueron exhumadas las momias. Como dato curioso, dos de las momias más conocidas corresponden a las personas Ignacia Aguilar y Tranquilina Ramírez. La primera de las momias fue la de Remigio Leroy, ilustre médico, el cual fue exhumado en 1865 cuando se movieron cuerpos de difuntos de la iglesia a lo que era el nuevo cementerio.
La momificación en este caso, contrario a los procesos artificiales de Egipto o Sudamérica, se llevó a cabo de forma natural y espontánea debido a la deshidratación de los cuerpos aunada a agentes minerales que preservaron los tejidos secos, inhibiendo el proceso de putrefacción
Actualmente, el museo cuenta con 111 momias, entre las cuales 63 son mujeres, 30 hombres, 5 niñas y13 niños. La momia más reciente fue puesta en exhibición en 2005, siendo exhumada en 1989 y correspondiente a un muerto en 1984. La colección de momias corresponde a personas que permanecieron en su sepultura cinco años en sus gavetas y que no fueron reclamados por sus parientes, razón por la que pasaron a quedar a disposición de la autoridad municipal.
Son, hoy por hoy, uno de los atractivos más importantes de la ciudad de Guanajuato, recibiendo la visita de miles de personas nacionales y extranjeras, siendo conocidas a lo largo del mundo y consideradas como uno de los museos más terroríficos de México. Se estima que en promedio el museo es visitado por entre dos y tres mil personas al día, siendo los fines de semana y en vacaciones cuando existe mayor concurrencia.